インデックスの追加／削除、カラムの追加／削除などは、テーブルロックが掛からずに実行できる。
※サーバーのスペックによっては、パフォーマンスに影響は出る。
カラムのデータ型変更など、一部の処理は従来通り、テーブルロックが掛かる。

14.10.1 Overview of Online DDL
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/en/innodb-create-index-overview.html

同様の処理を行えるツールに、以下のようなものもある。

openark kit
http://code.openark.org/forge/openark-kit

Percona Toolkit
https://www.percona.com/software/mysql-tools/percona-toolkit
→ pt-online-schema-change
https://www.percona.com/doc/percona-toolkit/2.2/pt-online-schema-change.html