mysql> ALTER TABLE tbl ENGINE=InnoDB;

MyISAMのダンプファイルを読み込んでENGINEの定義をInnoDBに置換しながら流し込む

[root@db ~]# zcat dbbackup.20140101.gz | sed 's/ENGINE=MyISAM/ENGINE=INNODB/g' | mysql -u root -pPASSWORD