mysqlのbinlogのようなもので、通常、1GB程度のファイルが2～3個作られる。
smallFilesオプションを有効にすることで、128MBに制限できる。

http://docs.mongodb.org/manual/reference/configuration-options/

storage.mmapv1.smallFiles
Type: boolean

Default: False

When true, MongoDB uses a smaller default file size. The storage.mmapv1.smallFiles option reduces the initial size for data files and limits the maximum size to 512 megabytes. storage.mmapv1.smallFiles also reduces the size of each journal file from 1 gigabyte to 128 megabytes. Use storage.mmapv1.smallFiles if you have a large number of databases that each holds a small quantity of data.

The storage.mmapv1.smallFiles option can lead the mongod instance to create a large number of files, which can affect performance for larger databases.

The storage.mmapv1.smallFiles setting is available only for mongod.

mongoDBを停止する

# /etc/init.d/mongod stop

journalディレクトリ以下のファイルを削除する

# rm -rf /var/lib/mongo/journal/*

mongod.confに「smallfiles=true」のオプションを追加する
※場所は適当

# vi /etc/mongod.conf

+）smallfiles=true

mongoDBを起動する

# /etc/init.d/mongod start